Module substitution_matrices

Substitution matrices for use in sequence alignment.

Variables

SIMILARITY_DNA_SEQ = 'AGCT'

SIMILARITY_DNA = array([[ 1, -1, -1, -...

NUC_4_4_SEQ = 'ATGCSWRYKMBVHDNU'

NUC_4_4 = array([[ 5, -4, -4, -4, -4, 1, 1, -4, -4, 1, -4, ...

BLOSUM62_SEQ = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*'

BLOSUM62 = array([[ 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1,...

PAM250_SEQ = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*'

PAM250 = array([[ 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -...

__package__ = 'lib.sequence_alignment'

Imports: array, int16

Variables Details

SIMILARITY_DNA

Value:

array([[ 1, -1, -1, -1],
       [-1,  1, -1, -1],
       [-1, -1,  1, -1],
       [-1, -1, -1,  1]], dtype=int16)

NUC_4_4

Value:

array([[ 5, -4, -4, -4, -4,  1,  1, -4, -4,  1, -4, -1, -1, -1, -2, -4
],
       [-4,  5, -4, -4, -4,  1, -4,  1,  1, -4, -1, -4, -1, -1, -2,  5
],
       [-4, -4,  5, -4,  1, -4,  1, -4,  1, -4, -1, -1, -4, -1, -2, -4
],
       [-4, -4, -4,  5,  1, -4, -4,  1, -4,  1, -1, -1, -1, -4, -2, -4
],
...

BLOSUM62

Value:

array([[ 4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1,  1
,
         0, -3, -2,  0, -2, -1,  0, -4],
       [-1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2, -1, -3, -2, -1
,
        -1, -3, -2, -3, -1,  0, -1, -4],
       [-2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0, -2, -3, -2,  1
,
...

PAM250

Value:

array([[ 2, -2,  0,  0, -2,  0,  0,  1, -1, -1, -2, -1, -1, -3,  1,  1
,
         1, -6, -3,  0,  0,  0,  0, -8],
       [-2,  6,  0, -1, -4,  1, -1, -3,  2, -2, -3,  3,  0, -4,  0,  0
,
        -1,  2, -4, -2, -1,  0, -1, -8],
       [ 0,  0,  2,  2, -4,  1,  1,  0,  2, -2, -3,  1, -2, -3,  0,  1
,
...