Author: bugman
Date: Thu Jan 22 16:39:34 2015
New Revision: 27270
URL: http://svn.gna.org/viewcvs/relax?rev=27270&view=rev
Log:
Added the PAM 250 amino acid substitution matrix.
This was taken from ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/PAM250 and added to
lib.sequence_alignment.substitution_matrices.PAM250.
Modified:
trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py
Modified: trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py
URL:
http://svn.gna.org/viewcvs/relax/trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py?rev=27270&r1=27269&r2=27270&view=diff
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--- trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py (original)
+++ trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py Thu Jan 22
16:39:34 2015
@@ -101,3 +101,43 @@
[ 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,
-1, -1, -1, -1, -1, -4], # X
[-4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
-4, -4, -4, -4, -4, 1] # *
], int16)
+
+
+# This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
+#
+# PAM 250 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
+#
+# Expected score = -0.844, Entropy = 0.354 bits
+#
+# Lowest score = -8, Highest score = 17
+#
+# Taken from ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/PAM250.
+PAM250_SEQ = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*'
+PAM250 = array([
+ # A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W,
Y , V, B, Z, X, *
+ [ 2, -2, 0, 0, -2, 0, 0, 1, -1, -1, -2, -1, -1, -3, 1, 1, 1, -6,
-3 , 0, 0, 0, 0, -8], #A
+ [-2, 6, 0, -1, -4, 1, -1, -3, 2, -2, -3, 3, 0, -4, 0, 0, -1, 2,
-4 ,-2, -1, 0, -1, -8], #R
+ [ 0, 0, 2, 2, -4, 1, 1, 0, 2, -2, -3, 1, -2, -3, 0, 1, 0, -4,
-2 ,-2, 2, 1, 0, -8], #N
+ [ 0, -1, 2, 4, -5, 2, 3, 1, 1, -2, -4, 0, -3, -6, -1, 0, 0, -7,
-4 ,-2, 3, 3, -1, -8], #D
+ [-2, -4, -4, -5, 12, -5, -5, -3, -3, -2, -6, -5, -5, -4, -3, 0, -2, -8,
0 ,-2, -4, -5, -3, -8], #C
+ [ 0, 1, 1, 2, -5, 4, 2, -1, 3, -2, -2, 1, -1, -5, 0, -1, -1, -5,
-4 ,-2, 1, 3, -1, -8], #Q
+ [ 0, -1, 1, 3, -5, 2, 4, 0, 1, -2, -3, 0, -2, -5, -1, 0, 0, -7,
-4 ,-2, 3, 3, -1, -8], #E
+ [ 1, -3, 0, 1, -3, -1, 0, 5, -2, -3, -4, -2, -3, -5, 0, 1, 0, -7,
-5 ,-1, 0, 0, -1, -8], #G
+ [-1, 2, 2, 1, -3, 3, 1, -2, 6, -2, -2, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -3,
0 ,-2, 1, 2, -1, -8], #H
+ [-1, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, 5, 2, -2, 2, 1, -2, -1, 0, -5,
-1 , 4, -2, -2, -1, -8], #I
+ [-2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2, 2, 6, -3, 4, 2, -3, -3, -2, -2,
-1 , 2, -3, -3, -1, -8], #L
+ [-1, 3, 1, 0, -5, 1, 0, -2, 0, -2, -3, 5, 0, -5, -1, 0, 0, -3,
-4 ,-2, 1, 0, -1, -8], #K
+ [-1, 0, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -2, 2, 4, 0, 6, 0, -2, -2, -1, -4,
-2 , 2, -2, -2, -1, -8], #M
+ [-3, -4, -3, -6, -4, -5, -5, -5, -2, 1, 2, -5, 0, 9, -5, -3, -3, 0,
7 ,-1, -4, -5, -2, -8], #F
+ [ 1, 0, 0, -1, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -2, -5, 6, 1, 0, -6,
-5 ,-1, -1, 0, -1, -8], #P
+ [ 1, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 1, -1, -1, -3, 0, -2, -3, 1, 2, 1, -2,
-3 ,-1, 0, 0, 0, -8], #S
+ [ 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, 0, -2, 0, -1, -3, 0, 1, 3, -5,
-3 , 0, 0, -1, 0, -8], #T
+ [-6, 2, -4, -7, -8, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -3, -4, 0, -6, -2, -5, 17,
0 ,-6, -5, -6, -4, -8], #W
+ [-3, -4, -2, -4, 0, -4, -4, -5, 0, -1, -1, -4, -2, 7, -5, -3, -3, 0,
10 ,-2, -3, -4, -2, -8], #Y
+ [ 0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, 4, 2, -2, 2, -1, -1, -1, 0, -6,
-2 , 4, -2, -2, -1, -8], #V
+ [ 0, -1, 2, 3, -4, 1, 3, 0, 1, -2, -3, 1, -2, -4, -1, 0, 0, -5,
-3 ,-2, 3, 2, -1, -8], #B
+ [ 0, 0, 1, 3, -5, 3, 3, 0, 2, -2, -3, 0, -2, -5, 0, 0, -1, -6,
-4 ,-2, 2, 3, -1, -8], #Z
+ [ 0, -1, 0, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, 0, -4,
-2 ,-1, -1, -1, -1, -8], #X
+ [-8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8,
-8 ,-8, -8, -8, -8, 1], #*
+], int16)
+
r27270 - /trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py