Woups...
Here's what happens when getting an email address from the email
window and then forgetting to remove it when sending the email...
Sorry all (maybe you get something useful from this email if you
understand French)...
Anyway, sorry again.
Séb :)
Salut Nicolas,
Voici quelques pistes de réponses...
1) Vous pouvez faire les fits directement avec relax. En utilisant
le gui de cette façon, les listes fits sont faits et les runs de
model-free suivent, sans devoir importer de nouveau les données...
MAis bon, c'est un détail et ça ne change rien, car vous pouvez
commencer où vous souhaitez...
2) En utilisant relax en mode "script", il y a plusieurs exemples
de scripts dans le dossier "sample_scripts". En particulier, dans
"sample_scripts/model-free", se trouve le script
"dauvergne_protocol.py" qui permet l'analyse complète et
automatisée selon la méthode de d'Auvergne (qui utilise au minimum
2 champs). D'autres scripts peuvent être utilisées si on n'a qu'un
champ, comme le script "mf_multimodel.py" qui peut être utilisé et
modifié pour faire des runs à un seul champs...
3) La meilleure manière de comprendre se qui se passe est de voir
le code directement... Le code spécifique du GUI est dans le
répertoire "gui" et celui-ci utilise les routines de relax (voir
autres répertoires)...
4) For all details on the different functions within relax, please
refer to the manual (either directly downloaded) or easily build
with scons ("scons user_manual_pdf"). (Désolé pour l'anglais...)
5) L'idéal, pour les questions, est de s'inscrire et d'ensuite
écrire à la mailing list des utilisateurs de relax (relax-users@xxxxxxx, voir
site web: http://www.nmr-relax.com/communication.html#relax-users)...
Je connais relax et le recommande. C'est polyvalent et facilemtn
modifiable pour combler tous vos désirs de model-free et de
relaxation ! Par contre, je ne suis plus activement impliqué dans
le développement et l'utilisation. Par ailleurs, je n;ai jamais
utilisé le gui. Par contre, celui-ci devrait être bien fait et
avec la même philosophie que le reste du code pour lequel il n'est
qu'une jolie interface... Ceci dit, je vous conseille de contacter
Edward via la mailing list. Il répond RAPIDEMENT et EN DÉTAILS. Il
est aussi bien heureux de débugger et améliorer le code... et ce,
RAPIDEMENT.
6) Bien qu'Edward comprenne le français, svp traduisez vos
questions et envoyez les à la mailin list. Les réponses seront
complémentaire aux miennes...
Bonne chance !
Ciao !
Séb :)
Salut Sébastien,
J'ai installé avec succès Relax (linux) pour mon étudiant
Donald (en cc) et nous commençons à bidouiller un peu avec le
logiciel, qui nous apparaît très bien construit. Merci pour la
suggestion. Ceci dit, nous avons effectué le processing des
T1, T2 et NOE avec Sparky comme nous avons l'habitude de le
faire et Donald a créé des listes qu'il a commencé à importer
dans Relax. Pour l'instant, nous n'avons que des données à 800
MHz, mais nous allons bientôt lancer le même échantillon à 500
MHz pour lancer l'analyse ModelFree. Je crois comprendre que
le logiciel ne fonctionne qu'à 2 champs (selon Bieri-2011).
Par contre, il est assez difficile de suivre le flux des
différentes étapes à suivre dans Relax avant de pouvoir lancer
l'analyse ModelFree, surtout considérant que Donald obtient
quelques messages d'erreurs uniquement en important ses listes
ainsi que dans la définition des spins avec le PDB utilisé.
Les articles publiés sur le sujet sont ok à propos de certains
détails, mais nous avons de la difficulté à trouver une
référence générale qui nous expliquerait la marche à suivre
étape par étape, notamment en présentant quelques explications
des différentes options de base importantes à définir dans les
boîtes du GUI. Malheureusement, le manuel du logiciel et les
articles publiés sont très peu garnis à cet effet.
Est-ce que tu aurais un exemple d'une "run" complète bidon
(ou une ancienne des tiennes) que nous pourrions utiliser
comme modèle/exemple à lancer, question de se faire la main
avec le logiciel un peu ? Avoir quelque chose qu'on sait qui
fonctionne nous permettrait non seulement de comprendre le
flux et l'ordre des étapes, mais également de savoir où les
choses clochent avec nos propres listes R1, R2 et NOE. Une
marche à suivre n'a-t-elle pas été écrite par d'Auvergne ou un
collaborateur comme toi par le passé ?
Merci pour les infos,
Nick
--
Nicolas
Doucet
Assistant
Professor
INRS -
Institut Armand-Frappier
University
of Quebec
Institut
Pasteur International Network
531
Boulevard des Prairies
Laval
(Quebec) H7V 1B7 CANADA
Phone:
(450) 687-5010 #4212
Fax:
(450) 686-5501
--
--
Sébastien Morin, Ph.D.
Postdoctoral Fellow, S. Bernèche Laboratory
Department of Bioinformatics
Biozentrum, Universität Basel
Klingelbergstrasse 50/70
4056 Basel
Switzerland
---- sebastien DOT morin AT unibas DOT ch ----
_______________________________________________
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Sébastien Morin, Ph.D.
Postdoctoral Fellow, S. Bernèche Laboratory
Department of Bioinformatics
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