Woups...
Here's what happens when getting an email address from the email window and
then forgetting to remove it when sending the email...
Sorry all (maybe you get something useful from this email if you understand
French)...
Anyway, sorry again.
Séb :)
Salut Nicolas,
Voici quelques pistes de réponses...
1) Vous pouvez faire les fits directement avec relax. En utilisant le gui de
cette façon, les listes fits sont faits et les runs de model-free suivent,
sans devoir importer de nouveau les données... MAis bon, c'est un détail et
ça ne change rien, car vous pouvez commencer où vous souhaitez...
2) En utilisant relax en mode "script", il y a plusieurs exemples de scripts
dans le dossier "sample_scripts". En particulier, dans
"sample_scripts/model-free", se trouve le script "dauvergne_protocol.py" qui
permet l'analyse complète et automatisée selon la méthode de d'Auvergne (qui
utilise au minimum 2 champs). D'autres scripts peuvent être utilisées si on
n'a qu'un champ, comme le script "mf_multimodel.py" qui peut être utilisé et
modifié pour faire des runs à un seul champs...
3) La meilleure manière de comprendre se qui se passe est de voir le code
directement... Le code spécifique du GUI est dans le répertoire "gui" et
celui-ci utilise les routines de relax (voir autres répertoires)...
4) For all details on the different functions within relax, please refer to
the manual (either directly downloaded) or easily build with scons ("scons
user_manual_pdf"). (Désolé pour l'anglais...)
5) L'idéal, pour les questions, est de s'inscrire et d'ensuite écrire à la
mailing list des utilisateurs de relax (relax-users@xxxxxxx, voir site web:
http://www.nmr-relax.com/communication.html#relax-users)... Je connais relax
et le recommande. C'est polyvalent et facilemtn modifiable pour combler tous
vos désirs de model-free et de relaxation ! Par contre, je ne suis plus
activement impliqué dans le développement et l'utilisation. Par ailleurs, je
n;ai jamais utilisé le gui. Par contre, celui-ci devrait être bien fait et
avec la même philosophie que le reste du code pour lequel il n'est qu'une
jolie interface... Ceci dit, je vous conseille de contacter Edward via la
mailing list. Il répond RAPIDEMENT et EN DÉTAILS. Il est aussi bien heureux
de débugger et améliorer le code... et ce, RAPIDEMENT.
6) Bien qu'Edward comprenne le français, svp traduisez vos questions et
envoyez les à la mailin list. Les réponses seront complémentaire aux
miennes...
Bonne chance !
Ciao !
Séb :)
Salut Sébastien,
J'ai installé avec succès Relax (linux) pour mon étudiant Donald (en cc) et
nous commençons à bidouiller un peu avec le logiciel, qui nous apparaît très
bien construit. Merci pour la suggestion. Ceci dit, nous avons effectué le
processing des T1, T2 et NOE avec Sparky comme nous avons l'habitude de le
faire et Donald a créé des listes qu'il a commencé à importer dans Relax.
Pour l'instant, nous n'avons que des données à 800 MHz, mais nous allons
bientôt lancer le même échantillon à 500 MHz pour lancer l'analyse
ModelFree. Je crois comprendre que le logiciel ne fonctionne qu'à 2 champs
(selon Bieri-2011).
Par contre, il est assez difficile de suivre le flux des différentes étapes
à suivre dans Relax avant de pouvoir lancer l'analyse ModelFree, surtout
considérant que Donald obtient quelques messages d'erreurs uniquement en
important ses listes ainsi que dans la définition des spins avec le PDB
utilisé. Les articles publiés sur le sujet sont ok à propos de certains
détails, mais nous avons de la difficulté à trouver une référence générale
qui nous expliquerait la marche à suivre étape par étape, notamment en
présentant quelques explications des différentes options de base importantes
à définir dans les boîtes du GUI. Malheureusement, le manuel du logiciel et
les articles publiés sont très peu garnis à cet effet.
Est-ce que tu aurais un exemple d'une "run" complète bidon (ou une ancienne
des tiennes) que nous pourrions utiliser comme modèle/exemple à lancer,
question de se faire la main avec le logiciel un peu ? Avoir quelque chose
qu'on sait qui fonctionne nous permettrait non seulement de comprendre le
flux et l'ordre des étapes, mais également de savoir où les choses clochent
avec nos propres listes R1, R2 et NOE. Une marche à suivre n'a-t-elle pas
été écrite par d'Auvergne ou un collaborateur comme toi par le passé ?
Merci pour les infos,
Nick
--
Nicolas Doucet
Assistant Professor
INRS - Institut Armand-Frappier
University of Quebec
Institut Pasteur International Network
531 Boulevard des Prairies
Laval (Quebec) H7V 1B7 CANADA
Phone: (450) 687-5010 #4212
Fax: (450) 686-5501
Email: nicolas.doucet@xxxxxxxxxxx
Web: http://www.profs.inrs.ca/ndoucet/
--
--
Sébastien Morin, Ph.D.
Postdoctoral Fellow, S. Bernèche Laboratory
Department of Bioinformatics
Biozentrum, Universität Basel
Klingelbergstrasse 50/70
4056 Basel
Switzerland
---- sebastien DOT morin AT unibas DOT ch ----
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Re: Question et exemple Relax